Regulējošās iestādes un likumdevēji ievieš noteikumus, kas uzliek šiem degvielas veidiem pienākumu būt ilgtspējīgiem, ja tos vēlas laist tirgū. Ir daudz neskaidrību par atšķirībām starp dažādiem biodegvielu izejmateriāliem.
Daži biodegvielas ražošanas izejmateriāli tik tiešām raisa noteiktus ilgtspējas jautājumus, jo izejmateriālu kultūraugu audzēšanai ir nepieciešamas lielas zemes platības. Bez stingra regulējuma tas var veicināt atmežošanu un neilgtspējīgu lauksaimniecības metožu izmantošanu. Ne velti klimata aktīvisti un arvien biežāk arī sabiedrība skarbi kritizē šīs neilgtspējīgās metodes.
Biodegvielas ražošanā tiek izmantoti ne tikai ilgtspējīgi audzēti kultūraugi, bet arvien vairāk arī dažādu veidu atkritumi un atliekas. Daudzi uzņēmumi arī izstrādā jaunas tehnoloģijas, kas izejvielu klāstu varētu papildināt ar lauksaimniecības un mežsaimniecības atliekām, aļģēm un citām izejvielām, kas šobrīd vēl nevar tikt izmantotas.
Bet kā patērētāji un uzņēmumi var uzzināt, kura biodegviela patiešām samazina siltumnīcefekta gāzu emisijas? Tam ir izveidotas noteiktas politikas. Piemēram, Eiropā Atjaunojamo energoresursu direktīvā noteikta prasība visai biodegvielai, ka to siltumnīcefekta gāzu emisijām ir jābūt vismaz par 50% zemākām nekā fosilajam kurināmajam. Starptautiskā Enerģētikas aģentūra (IEA) atzīmē, ka ne tikai Eiropa, bet arī ASV un Brazīlija ir izveidojušas trešās puses sertifikācijas sistēmu, lai garantētu biodegvielas ilgtspējību.